Kurikulum MTs Negeri 3 Pati menerapkan Kurikulum Kementerian Pendidikan Nasional yang dipadukan dengan Kurikulum Kementerian Agama dan dikembangkan sesuai dengan visi, misi dan tujuan MTs Negeri 3 Pati. Dengan demikian, peserta didik MTs Negeri 3 Pati akan mendapatkan pendidikan serta pelajaran umum seperti peserta didik di sekolah umum (Kemendiknas) dan pendidikan agama seperti peserta didik di madrasah (Kemenag).
MTs Negeri 3 Pati juga menerapkan program-program dan penanaman nilai-nilai keagaman serta ketrampilan kepada peserta didik antara lain melalui : tadarus Al Qur’an, membaca doa dan Asmaul husna pada awal jam pembelajaran, sholat dhuha, sholat dhuhur berjamaah, , pembiasaan mengucapkan salam, ketrampilan khitobah dan praktik-praktik ibadah lainnya.
Selain itu MTs Negeri 3 Pati juga menyelenggarakan beberapa jenis kegiatan ekstrakuriler yang dapat digunakan untuk mengembangkan bakat dan minat peserta didik.
Dengan memadukan kedua kurikulum tersebut dan pengembangan kurikulum madrasah serta program-program madrasah, maka diharapkan akan terwujud insan-insan yang cerdas, trampil, berakhlakul karimah dan memiliki budi pekerti serta kepribadian yang kuat.
Pengembangan kurikulum disusun antara lain dapat memberi kesempatan peserta didik untuk :
- Menanamkan sikap religius melalui pembelajaran agama untuk keimanan dan ketakwaan terhadap Tuhan Yang Maha Esa;
- Menanamkan kebiasaan peserta didik untuk beribadah sesuai dengan agamanya;
- Membantu peserta didik untuk mengenali potensi dirinya sehingga dapat berkembang optimal;
- Menumbuhkan semangat berprestasi, aktif, kreatif, kepada seluruh warga sekolah;
- Meningkatkan kemampuan peserta didik dalam menciptakan lingkungn yang bersih, sehat, di lingkungan sekitar;
- Menanamkan sikap nasionalisme dan cinta tanah air melalui nilai-nilai luhur yang berakar dari Pancasila.